بدأت الجامعة بمعهد القرآن الكريم في العام 1412هـ الموافق 1991م وكان القرآن الكريم آنذاك يتبع لهذا المعهد كمادة من المواد التي تدرس فيه وبعد أن تطورت الجامعة إلى كليتين " كلية الشريعة وكلية التربية " أصبح للقرآن الكريم إدارة قائمة بذاتها تسمى "إدارة تعليم القرآن الكريم ". ومن ثم تطورت إلى عمادة تعليم القرآن الكريم في الأول من رجب 1426هـ الموافق أغسطس 2005م.