أنشئ هذا المركز بموجب قرار أصدره مدير جامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم في العام 1435هـــ الموافق : 2014م ، على أن يتبع هذا المركز إلى كلية الشريعة ، وبدأ المركز بمكتب بمركز الطالبات بحي الدرجة وكان في وقتها يحل المشاكل القليلة التي ترد إليه ، ولكن لكثرة الفتاوى التي ترد إلى المركز ، وكثرة الزائرين لهذا المركز ، وبروز حاجة كثير من المؤسسات والهيئات التي تحتاج إلى الفتوى متمثلة في الهيئة القضائية ، والمحامين، والمجالس التشريعية، زيادة على المواطنين المستفتيين ، انتقلت إدارة المركز إلى المكاتب الحالية بمجمع أبو سنون الإسلامي شرق برج الجزيرة.