1. شعبة فقه الأسرة

واختصاصه النظر في فتوى الطلاق والميراث

2. شعبة الاقتصاد والمال

وتنظر في قضايا المال والبنوك

3. شعبة الشؤن الاجتماعية

وتنظر في قضايا الأسرة المتنازعة وإصلاح ذات البين

4. شعبة الفتوى العامة

وتنظر في القضايا القانونية

يقوم بتدريب المفتين كما يقوم باجراء البحوث اللازمة للفتوى وخاصة في فقه النوازل.

وترد إلى المركز فتاوى من خارج السودان كدول الخليج ودول أوروبا وأمريكيا

المركز صار بيت خبرة للأجهزة العدلية حيث سجل للمركز اكثر من أربعين قضية محولة من المحاكم

1. أولاً: يقوم المستفتي بمقابلة مسجل المركز
2. ثانياً: يقوم المسجل برفع اللإستمارة إلي رئيس قسم الفتاوى ليقوم بإرسالها إلي الجنة المختصة
3. ثالثاً: إجتماع اللجنة المختصة لنظر في الفتوى وإرجاعها إلي رئيس قسم الفتاوى للإعتماده من القسم
4. رابعاً: إرسال الفتوى من رئيس قسم الفتاوى إلي مدير المركز للإعتمادها من مركز الإفتاء الشرعي