أنشئت في العام 1429هـ الموافق 2008م، تهدف إلى تجويد الأداء الإداري والعلمي بالجامعة وذلك بإدخال النظم المختلفة وحوسبة النظام الإداري في الجامعة، كما تسعى إلى ربط الإدارات المختلفة بشبكة معلومات موحدة، وربط الجامعة بالشبكات التعليمية داخل وخارج السودان، وإقامة الدورات التدريبية والتعليمية بالجامعة، والإشراف على الأنشطة التعليمية والتدريبية وتنظيم الدورات التعليمية للطلاب والعاملين بالجامعة.
مدير الإدارة :
أ. محمد عبد المنعم محمد سليمان (أكتوبر 2018م حتى الآن)
المدراء السابقين :
- د. أبو العز الأمين أحمد (ابريل 2018 – اكتوبر 2018م).
- د. محمد الطيب محمد علي (ابريل 2017 – ابريل 2018م).
- م. عمار يس ابراهيم مالك ( - ابريل 2017).
- د. محمد الطيب محمد علي.
