نشأت الجامعة من بذرة طيبة لجامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية بأم درمان ممثلة في معهد القرآن الكريم الذي افتتح في العام 1412هـ الموافق له 1991م؛ بمبادرة طيبة من حلقات القرآن الكريم بولاية الجزيرة، تقرر بموجبها تنازل حلقات القرآن الكريم عن دارها لإنشاء كلية تتبع لجامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية، ثم تطورت إلى كليات انتشرت في ود مدني وبعض مدن الولاية، وهذه الكليات تتمثل في كلية الشريعة، كلية التربية، كلية القرآن الكريم بالكاملين، كلية الشريعة بالهلالية،وكلية التربية مرحلة الأساس بود مدني.
ثم أدى التطور المضطرد في برامجها التعليمية ومناشطها والتوسع في بنيتها التحتية؛ إلى تطويرها إلى مؤسسة تعليمية كبرى، ففي 5/ من رجب 1428هـ الموافق له 19/ من يوليو 2007م أعلن رئيس الجمهورية عن قيام جامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم، في احتفالٍ حاشد.
وفي 11/ من صفر 1429هـ الموافق له 18/ من فبراير 2008م، وقّع السيِّد رئيس الجمهورية على قانون جامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم بعد أن أجازه المجلس الوطني في جلسته رقم (26) من دورة الانعقاد الخامسة بتاريخ 6/ من محرم 1429هـ الموافق له 15/ من يناير 2008م، وأصبحت بمقتضى هذا القانون هيئة علمية ذات شخصية اعتبارية .
وفي سبيل التطور والتوسع أنشأت جامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم إضافة للكليات أعلاه كلية اللغة العربية بالمناقل، وكلية الاقتصاد والعلوم الإدارية بالحصاحيصا، وكلية المجتمع وكلية الدراسات العليا والبحث العلمي، ومركز تأصيل العلوم وكلية اللغات بالحوش وكلية الحاسوب وتقانة المعلومات برفاعة.